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6月21日，由南京農(nóng)業(yè)大學(xué)前沿交叉研究院主辦，杭州寶誠生物技術(shù)有限公司聯(lián)合Oxford Nanopore、墨卓生物以及環(huán)亞生物承辦的“納米孔測序技術(shù)應(yīng)用專題學(xué)術(shù)研討會-南京站”圓滿落幕。

本次研討會上，來自科研院所，醫(yī)院，企業(yè)等不同研究領(lǐng)域的科學(xué)家們進(jìn)行了專題報告，分享了他們利用納米孔測序進(jìn)行相關(guān)研究的成果，內(nèi)容涵蓋了表觀遺傳學(xué)，遺傳性疾病林業(yè)研究等多個應(yīng)用領(lǐng)域。此外，墨卓生物與環(huán)亞生物也提供了配合納米孔測序技術(shù)整體解決方案，為納米孔測序技術(shù)提供了新思路。本次會議共吸引了一百余位專家，共同探討學(xué)習(xí)納米孔測序技術(shù)應(yīng)用的現(xiàn)狀與未來。

《納米孔測序技術(shù)應(yīng)用專題學(xué)術(shù)研討會》會議現(xiàn)場嘉賓合影

竇道龍院長首先對參會的各位專家學(xué)者表示了真誠的歡迎，介紹了南京農(nóng)業(yè)大學(xué)的歷史和榮譽(yù)以及南京農(nóng)業(yè)大學(xué)前沿交叉學(xué)院的研究內(nèi)容和方向，隨后對杭州寶誠生物技術(shù)有限公司在生命科學(xué)領(lǐng)域新技術(shù)的引進(jìn)與推廣方面做出的貢獻(xiàn)，給予了高度評價。竇院長表示前沿交叉研究院目前已經(jīng)建立了納米孔高通量測序平臺，希望通過本次研討會，推動納米孔測序技術(shù)更多的實際應(yīng)用，促進(jìn)納米孔測序技術(shù)解決更多科研和臨床方面的相關(guān)問題，能為在場學(xué)者提供一些科研靈感與思路。

施覺亮董事長對南京農(nóng)業(yè)大學(xué)、參會學(xué)者和各位友商對本次會議順利舉辦提供的支持，給予了誠摯的感謝。施覺亮先生結(jié)合自身創(chuàng)辦寶誠生物集團(tuán)、深耕生命科學(xué)領(lǐng)域的工作經(jīng)歷，和近年來參與納米孔測序應(yīng)用研究、技術(shù)推廣和整體解決方案開發(fā)的心路歷程，向參會的各位專家學(xué)者闡述了寶誠生物集團(tuán)的核心價值觀、使命和愿景，也表達(dá)了寶誠生物集團(tuán)將持續(xù)努力，為納米孔測序技術(shù)的深入和廣泛應(yīng)用做出一份應(yīng)有的貢獻(xiàn)。

甘祥超教授分享了他在基因組組裝方面的工作內(nèi)容，通過擬南芥和擬南芥近親物種基因組差異和功能機(jī)制差異的案例，說明了獲取物種全基因組對研究物種的重要意義，進(jìn)一步講述了長讀長ONT測序在基因組組裝中的優(yōu)勢。隨后分享了他們課題組開發(fā)的開源GALA組裝新算法及利用GALA和ONT組合完成的一些基因組組裝案例，該算法亮點(diǎn)在于在數(shù)據(jù)分析階段對序列進(jìn)行染色體級別地分離并以染色體為單位進(jìn)行組裝，可以更簡單高效地實現(xiàn)高質(zhì)量地T2T基因組組裝，并和常用的基因組組裝算法做了性能分析對比，引起了現(xiàn)場學(xué)者熱烈地提問與討論。

表觀遺傳學(xué)是目前熱門的研究方向，來自東南大學(xué)的孔藝萌教授分享了自己參與的三個關(guān)于甲基化的研究課題。由于Nanopore可以直接測序天然的DNA和RNA分子，直接檢測出堿基是否發(fā)生修飾，因此非常適合針對表觀遺傳學(xué)進(jìn)行研究?？捉淌谑紫冉榻B了專門針對6mA修飾的6mAScope工具，該工具可針對原核生物進(jìn)行精確的6mA修飾定位及定量。然后介紹了針對A to I的RNA修飾的ONT basecalling 算法的開發(fā)思路，最后是介紹了利用細(xì)菌穩(wěn)定的甲基化修飾，利用限制性內(nèi)切酶定向去除背景細(xì)菌的一種高效檢測宏基因組樣本中低豐度菌種的臨床方法學(xué)mEnrich-seq ，展現(xiàn)了ONT測序在表觀遺傳學(xué)上豐富的應(yīng)用場景。

mRNA疫苗相比于傳統(tǒng)疫苗具有免疫原性強(qiáng)、安全性高且易研發(fā)與生產(chǎn)等優(yōu)點(diǎn)，目前已經(jīng)越來越被生物醫(yī)藥公司重視。劉國鵬研究員簡單介紹了mRNA疫苗技術(shù)，提到堿基修飾可以幫助mRNA藥物提升效果，隨后介紹了艾博公司和西交利物浦大學(xué)合作開發(fā)的biLSTM模型，介紹了開發(fā)基于ONT平臺的堿基修飾算法的實驗設(shè)計及驗證思路，也和此文獻(xiàn)中報道的一些算法進(jìn)行了性能對比。給現(xiàn)場做ONT算法開發(fā)的學(xué)者們提供了很好的參考。

周博士介紹了近期納米孔測序方面的一些技術(shù)更新升級和應(yīng)用拓展的情況，提到近期納米孔測序技術(shù)的重大更新，包括了納米孔測序技術(shù)度單分子準(zhǔn)確率、多聚同聚物檢測準(zhǔn)確率、RNA直接測序和甲基化檢測準(zhǔn)確率等各個方面的技術(shù)指標(biāo)的提升。同時，周博士還介紹了納米孔測序技術(shù)在基因組測序、臨床遺傳性疾病測序、多組學(xué)測序等方面的獨(dú)特優(yōu)勢，也分享了近期在相關(guān)領(lǐng)域的一些技術(shù)應(yīng)用成果。

龔亮教授介紹了疾病基因組測序的關(guān)注方向，并就SV檢測展開了報告。報告引用近20年文獻(xiàn)發(fā)表的熱點(diǎn)關(guān)鍵詞檢索，結(jié)合自身的科研經(jīng)驗，論述了長讀長測序?qū)τ诮Y(jié)構(gòu)變異檢測的重要性。龔亮教授介紹了自己團(tuán)隊開發(fā)的一套利用ONT進(jìn)行結(jié)構(gòu)變異檢測的實驗方法和專門開發(fā)的結(jié)構(gòu)變異分析工具Picky，并從多個案例介紹了不同的結(jié)構(gòu)變異檢測的應(yīng)用方向，例如針對TNBC的STR檢測，染色體中的環(huán)狀DNA檢測，基于SV變異圖譜的癌癥分析等。

周哲敏教授講述了疾病預(yù)防和臨床工作的一些特點(diǎn)，提到了“關(guān)口前移，多點(diǎn)觸發(fā)”的工作思路，強(qiáng)調(diào)病原微生物在疫情爆發(fā)早期快速定位和發(fā)現(xiàn)的重要性，提到ONT測序技術(shù)在這方面無可替代的作用。周教授首先分享了自己開發(fā)的基于全物種保守的持家基因分型的工作流程，可以實現(xiàn)菌株級別的序列重建，并介紹了StRTrak解析病原體進(jìn)化關(guān)系的思路。最后用一個某兒童醫(yī)院重癥監(jiān)護(hù)室肺炎克雷伯菌感染案例，分享了耐藥性隨質(zhì)粒在院感細(xì)菌中轉(zhuǎn)移的研究內(nèi)容，介紹了自己開發(fā)的KleTy肺炎克雷伯菌核心基因組和質(zhì)粒分析鑒定工具。周哲敏教授的分享再次體現(xiàn)了ONT測序技術(shù)在疾病爆發(fā)監(jiān)測中快速、準(zhǔn)確的特點(diǎn)。

胡平老師首先科普了產(chǎn)前診斷的意義及重要性，隨后延伸到具有動態(tài)突變的一些復(fù)雜遺傳學(xué)致病機(jī)制的特殊遺傳病的檢測方法上，介紹了自己團(tuán)隊針對FSHD綜合癥的檢測方法的開發(fā)。FSHD相關(guān)的致病機(jī)制中有一段是D4Z4基因，單個重復(fù)長度在3.3kb ，通常都是超過10個連續(xù)的重復(fù)，而發(fā)病者則重復(fù)次數(shù)偏低，且有復(fù)雜的甲基化特征，傳統(tǒng)檢測方案一個是利用Southern blot非常費(fèi)時費(fèi)力，另一個則是利用OGM（廣譜核型技術(shù)），但是該技術(shù)無法檢測甲基化。胡平老師考慮到ONT可以同時滿足檢測單倍體型和甲基化檢測的特點(diǎn)，進(jìn)行了方法學(xué)的開發(fā)，相關(guān)文獻(xiàn)也已發(fā)表。

張楨珍總監(jiān)介紹了墨卓MobiNova?-100單細(xì)胞測序建庫系統(tǒng)，基于分子標(biāo)簽（barcode）的單細(xì)胞識別，利用獨(dú)家專利的標(biāo)簽和油包水技術(shù)，可對多種樣本自動完成單細(xì)胞分離、細(xì)胞裂解、核酸捕獲，是高質(zhì)量、端到端的高通量單細(xì)胞測序建庫系統(tǒng)。

納米孔測序技術(shù)具有超長讀長的技術(shù)優(yōu)勢，在基因組組裝和臨床遺傳病測序方面，具有重要的應(yīng)用價值。滕鵬經(jīng)理為現(xiàn)場的各位技術(shù)專家?guī)砹薙ageScience長片段分選設(shè)備，該設(shè)備能夠?qū)崿F(xiàn)特定長度片段的篩選與收集，更好地富集特定長片段以實現(xiàn)針對性的納米孔長讀長測序。滕經(jīng)理詳細(xì)介紹了該平臺的回收原理、技術(shù)特點(diǎn)和滿足不同需求的各類平臺等，隨后展示了有關(guān)產(chǎn)品在部分實驗室的應(yīng)用成果，重點(diǎn)集中于動物植物基因組（尤其是多倍體）解析、臨床遺傳?。ㄓ绕涫呛币姴。┑臋z測以及常規(guī)表觀遺傳學(xué)檢測等領(lǐng)域，相信該設(shè)備平臺結(jié)合納米孔測序技術(shù)，將會各位專家學(xué)者解決更多實踐應(yīng)用問題。

至此，本次研討會順利結(jié)束，希望通過本次研討會，為大家?guī)碜顭衢T、最前沿的納米孔測序研究以及整體化解決方案，推進(jìn)納米孔測序技術(shù)在不同領(lǐng)域的應(yīng)用，期待未來與各位專家學(xué)者更多的交流與合作。